Su primera piedra se puso el día de San José del año 1644, se hizo bajo la advocación del Corpus, con la autorización del Duque de Hijar, para los religiosos Capuchinos.
Esta ermita es de pequeñas dimensiones y allí se encuentra la imagen de San Isidro, patrón de los labradores, cuya festividad se celebra el 15 de mayo.
Aquí permanece la sepultura de D. José Antonio Sánchez-Jijón uno de los fundadores de la casta de toros Jijona, que tanto renombre han dado a esta tierra.
Fue Villarrubia el segundo lugar de la Mancha donde fundaron los Capuchinos castellanos. Dio ocasión a esta fundación el hecho de que D. Pedro Sánchez Conejero, vecino de esta villa y casado con Doña Catalina Zamora, en su testamento redactado el 25 de enero de 1619, dejase sus bienes paro que se edificase un convento de “frailes Franciscos Descalzos”. Por otra parte la hermana de D. Pedro en su testamento de 16 de agosto de 1616, dejo 2.000 ducados para el mismo fin.
Pero ningún paso se dio hasta 1638, en que los Duques de Híjar, señores en lo espiritual y material de esta villa, hicieron el ofrecimiento de estos bienes a los Capuchinos, por medio del Provincial, P. Cristóbal de Morentín, quien enfermo como estaba, comisionó el 12 de junio de 1638 01 P. Alejandro de Valencia, para que tratase con el Duque de Híjar de dicha fundación. Así se hizo efectivamente el 2 de junio en la ermita de Ntra. Sra. de la Caridad, ermita que estaba muy cerca de la plaza de la villa (plaza que hoy conocemos como de la Constitución). los Duques de Híjar dan a los Capuchinos la posesión de la citado ermita y sus dependencias como casa conventual, hasta que se elija un nuevo lugar más adecuado para la instalación definitiva del convento. Pasaron algunos años y los religiosos habían gastado parte de la hacienda dejada para la fundación. Asimismo el Duque de Híjar pretendía tener derecho a los bienes de la hacienda, produciéndose roces entre ambos, hasta el punto que tuvieron que ir a pleito. la sentencia de aquel pleito dio la razón a los frailes, teniendo el Duque que desistir de su afán apropiatorio.
Pasada la tempestad de estos acontecimientos y volviendo las aguas a su cauce, obtenidos la provisión real y el permiso del arzobispado de Toledo, el P. Provincial Alejandro de Valencia quiso dar un paso decisivo y puesta su confianza en Dios, se resolvió a poner la primero piedra del nuevo convento el día de San José de 1644.
Encerrados en la primera piedra y escritos sobre un pergamino, quedaron las condiciones y acuerdos a que llegaron los capuchinos y D. Rodrigo Sarmiento Villaldrando de la Cerda, Conde de Salinas y primer Duque de Híjar, quedando este con el patronato del convento.
Pronto se ganaron los frailes el respeto y la admiración entre las gentes del pueblo, hasta tal punto que además de ayudar en las obras del convento, se comprometieron o dar anualmente 12.000 maravedíes paro las obras y otros 12.000 paro el sostenimiento de la comunidad. Además las autoridades en acuerdo tomado en el ayuntamiento el 4 y 6 de julio del mismo año, se comprometieron a pedir varias veces al año limosnas extraordinarios para los religiosos. A pesar de la colaboración de las autoridades y pueblo en general, las obras del convento se realizaron muy despacio, hasta el punto de que aún en 1695 no se habían hecho ni la bóveda para los enterramientos de los religiosos, ni tampoco la enfermería, paro cuyo fin dejó D. Juan Gómez de Almo en su testamento 800 ducados.
El cariño hacia los frailes se fue acrecentando y lo prueba el que en alguna ocasión, familias de cierta posición económica, dejaban favorecido al convento en sus testamentos con todo o porte de su peculio. Los Capuchinos se comprometieron a ayudar en las tareas de la parroquia; así por ejemplo se encargaban de predicar todos los sermones de tabla que tenía la villa, visitaban enfermos y realizaban muchos de los entierros de aquella época, algunos de los cuales los hacían dentro del propio convento. Incluso cuando se trataba de señores feudales o de cierta relevancia local, los hacían dentro de la propio iglesia del convento, (la actual capilla de San Isidro). Así, por ejemplo, entrando a la capilla y junto al Altar Mayor en su parte derecha se puede contemplar una lápida tallada en hierro fundido, en la que se puede leer, en un precioso castellano antiguo la siguiente inscripción: “Aquí yace D. José Antonio Sánchez-Jijón y Torres, caballero del hábito de Calatrava, consorte que fue de Doña Leonor del Águila Bolaños. Año de 1802″.
Este señor fue el último descendiente de la saga de los Jijones, famosos por ser grandes de Villarrubia y por la propiedad de la ganadería de reses bravas de tan alto renombre; familia que residió en la casa de su propiedad, situada en el número uno de la calle que hoy vuelve a llevar su ilustre apellido. (Estos datos han sido recogidos del libro’ Siglo XVIII – Toros Jijones”, cuyo autor es nuestro insigne historiador D. Luis Villalobos Villalobos).
Ni que decir tiene que tanto el convento como la iglesia eran de reducidas proporciones, muy en consonancia con el culto que había y con el número de religiosos que allí residía. En cambio, disfrutaban de uno espacioso huerto en el que los frailes cultivaban diversos frutos y hortalizas, con que ayudar al sustento de la comunidad.
La capilla del convento tenía como titular al Corpus Christi. En el retablo del Altar Mayor se podía admirar un cuadro pintado por Solís, artista madrileño, quien ejecutó la obra a los 18 años. El cuadro representaba la Eucaristía en Adoración; consistía en una valiosa Custodia entre blancas nubes, y arrodillados a uno y otro lado en actitud de oración, se contemplaba a San Buenaventura y a Santo Tomás, así como a varios padres Capuchinos, que presumiblemente estuvieron en la fundación del convento. La capilla consistía en uno nave central con varias capillas a ambos lados. Tres al lado derecho, donde se podía contemplar a San Isidro, a San Francisco, cuyo imagen era de mucho mérito artístico, y en bajo relieve los Desposorios de San Joaquín y Santa Ana. Y dos capillas al lado izquierdo con la Virgen de la Caridad, imagen vestida, e imagen de San Antonio.
Llegado el año 1809 y más concretamente el 31 de mayo, los frailes capuchinos fueron expulsados del convento y desterrados del pueblo por las tropas francesas. Quedó reducido el convento en 1813 a hospicio o residencia. Por último nos llegan dos opiniones contradictorias, en las cuales, según una, el 31 de agosto de 1835 quedo suprimida totalmente la congregación de frailes capuchinos. Según la otra, en el año 1838 y uno vez finalizada la guerra con los franceses y recuperadas de nuevo todas las posesiones del pueblo por los Duques de Hijar, éstos entregan nuevamente el convento a los Capuchinos. Si este último dato fue real, no se tiene constancia de cuando abandonaron los frailes definitivamente Villarrubia y, por consiguiente, el convento.
Como queda dicho, se pierde toda historia del convento, sabiendo únicamente que a excepción de parte del huerto, la sacristía y la capilla, todo lo demás pasó a ser propiedad privada, habiéndose conocido hasta no hace muchos años algunas dependencias claustrales del convento habilitadas como almacén de cereales.
Con la llegada de la guerra civil española en 1936, fue destruida la capilla, quemados los archivos, las imágenes y todos los vestigios que hubieran podido enriquecer la memoria y el recuerdo del paso por Villarrubia de aquellos buenos monjes. Terminada la contienda, sólo quedó en pie la sacristía, conservando su bóveda tal cual era, y tal como está en la actualidad. En el año 1957 y siendo la parroquia la propietaria de los derruidos restos conventuales decide recomponer la capilla, contando con el beneplácito y ayuda del pueblo. Una vez reconstruida, se abrió de nuevo al culto figurando como titular de la misma San Isidro labrador, quien con su imagen de mediana estatura y desde su hornacina situada por encima del Altar Mayor, presidía las distintas celebraciones.
No pasó mucho tiempo de la restauración de la ermita cuando se hizo cargo del cuidado de la misma, la Hermandad de San Isidro, que como queda dicho era el titular de la capilla, fomentando el culto al Santo por parte de los agricultores de la localidad y celebrando allí los actos en tomo al querido Patrón.
Hacemos especial mención o la persona de D. Alberto Chocano, ilustre doctor en medicina afincado y casado en Villarrubia, quien siendo muy devoto de San Isidro donó a la Hermandad la imagen del Santo que se venera en la ermita; pasando la pequeña imagen antigua en la actualidad a honrar con su presencia el hogar de aquel hermano que es agraciado en el sorteo que la Hermandad realiza el día de la fiesta en torno del Santo labrador.
Volviendo de nuevo a la ermita recordamos que en el año 1981 se realizaron nuevos obras, en esto ocasión para construir la nuevo fachada, que como todos sabemos está en la calle cuyo nombre recuerda la presencia de tan rancio edificio, (calle del convento): En 1988 es bendecida en la capilla la imagen de Santa María de la Cabeza, esposa que fue de San Isidro, talla de madera que había adquirido la Hermandad con el propósito de fomentar el culto en torno de aquel matrimonio de Santos, creando un clima de unión y convivencia cristianos entre las familias de los miembros de esta Hermandad.
Concluimos este resumen evocando un cariñoso recuerdo para aquellos bienhechores que donaron su patrimonio para la fundación del convento. A los frailes Franciscanos Capuchinos, quienes, con su trabajo, oración y humildad engrandecieron una etapa de la historia de Villarrubia. Y a los hermanos de San Isidro y Santa María de la Cabeza que nos han precedido, yo que con su testimonio y dedicación nos han dado ejemplo para la superación humana y cristiana de nuestra Hermandad.