Los Ojos del Guadiana se sitúan en el término municipal de Villarrubia de los Ojos, y son las fuentes tradicionales, o el punto de surgencia principal histórica donde convencionalmente se consideraba que nacía el río Guadiana, -al menos en su tramo medio-. Esto era debido a su potencia y constancia, ya que el resto de afluentes de cabecera (Valdejudíos, Riánsares, Amarguillo, Záncara, Cigüela, Córcoles y Azuer) eran ríos de un marcado carácter estacional con acusados estiajes, siendo habitual que pasaran tiempo sin correr -y de hecho, salvo el Azuer, ninguno ha seguido corriendo desde 2013-.
Existe otro tramo del Guadiana, denominado Guadiana Alto, que nace a cotas superiores (a 1.040 msnm, en los alrededores de las Lagunas de Navalcudia), y que, posteriormente, se infiltra aguas abajo de las mismas Lagunas de Ruidera, una vez pasado el embalse de Peñarroya, por lo que se consideraba, de un modo mítico o legendario, que este Guadiana Alto volvía a aparecer en los Ojos del Guadiana (como si se tratara de una lombriz o serpiente que volviera a ver la luz). Esta parte del río sí que tiene conexión física con el cauce bajo, a través del Canal del Gran Prior, cuya construcción se inició en el s.XVI y que guiaba el efluente de las Lagunas de Ruidera, que antaño se extendía sin un cauce definido, a traves de la comarca del Campo de San Juan, pasando por Argamasilla, Tomelloso y hasta su triple confluencia con los ríos Záncara y Amarguillo.
La realidad es mucho más prosaica, ya que el sistema hídrico del Guadiana no es una corriente subterránea como tal, sino un enorme sistema acuífero formado por estratos porosos de caliza, que permiten tanto la infiltración del agua como su discurrir general hacia el noroeste, a favor de la pendiente del terreno. Esto provoca que el agua pueda desplazarse lentamente, acumularse en las zonas más bajas y emerger allí donde el terreno corta el nivel freático, como sucedía en estos manantiales. Por ello la leyenda del río que emerge de nuevo, si no exacta, al menos desde un punto de vista hidrogeológico podría aproximarse a la realidad.
Desde el criterio hidrológico-estructural, los Ojos del Guadiana podrían clasificarse como un humedal tipo “hidrohumedal de descarga”; no obstante, debido a la sobreexplotación que sufre el acuífero implicado en esta surgencia, desaparecieron en 1984, último año en que manaron. La configuración hidrogeológica también ha cambiado por la ruptura y rebajado de la cota de descarga aguas abajo del Parque Nacional de las Tablas, de forma que, si bien se han llegado a encharcar algunos de los Ojos situados en las cotas más bajas tras años de abundante precipitación, difícilmente se los verá correr, y mucho menos configurar un curso de agua continuo, por lo cual actualmente debemos considerar que el Guadiana nace en las surgencias situadas en el último tramo del río Azuer, entre los molinos de “el Nuevo” y “Griñón”, en el término municipal de Daimiel, al encontrarse el resto de sus afluentes de cabecera tan deteriorados, destruídos por la actividad humana e hídricamente sobreexplotados, que difícilmente se los verá correr salvo en contadas ocasiones.